但是，這并不等于說我們的自主創新已經很好了，相反，我們自主創新的能力不強、整體水平不高，并且存在著明顯的弱點，自主創新的環境也需要花大力氣改善，尤其是在較高端的制造業領域：
一是最核心的技術仍然受制于人。這是我們自主創新的最大弱點。以重型汽車行業為例，一汽、東風、中國重汽、陜汽、華菱汽車等主流企業在自主創新上取得了一定的成績，建立了比較完備的重型汽車零部件體系，但是核心零部件如發動機、變速箱、車橋幾大總成的研發水平與國外先進企業相比仍然存在較大差距。近年來，國外重型汽車巨頭紛紛以多種方式與國內部分重型汽車企業開展合資經營，搶占中國市場。短期看減輕了國內企業研發壓力，圖一時輕松，但從長遠來看勢必影響到我國重型汽車核心技術自主創新能力的發展，影響到國防安全。因為最核心的技術掌握在外方手里，一旦發生戰爭或其他緊急情況，外方中止合作或切斷關鍵部件的供應，將會帶來災難性后果。
二是扶持政策不盡合理。政府對自主創新有很多支持政策，但是很多支持政策都被央企和有政府背景的大型國企拿去了，其他企業或者拿不到，或者只能拿到很小的一部分，這種不合理的扶持政策破壞了公平競爭的市場秩序，也不利于整個行業的健康發展；另一方面，在支持政策中，資金支持是重頭戲，也是各大企業爭奪的焦點，很多企業甚至不惜“造”項目或只把原來的項目改頭換面，來騙取國家的資金支持。從表面上看，國家的錢通過所謂的支持自主創新項目花出去了，其實并沒有取得應有的效果，很多企業效益并不好，甚至年年虧損，早該被市場淘汰，就是因為有國家和地方政府的大量輸血才得以維持生命。這種扶持政策其實是等于保護了落后。支持自主創新，要重視效果，需要創新思維。
三是對知識產權保護的力度不夠。創新需要好的創新環境和激勵機制，其中一個重要方面就是對知識產權的保護。但是現在政府對知識產權保護的力度還遠遠不夠，各種對知識產權侵害的行為沒有得到有效遏制。我國知識產權侵權問題主要集中在制售假冒偽劣產品上，其嚴重性在于在很多地方已經形成了一定的產業規模，形成了制、售一條龍。許多生產銷售基地是當地的支柱性產業，利稅大戶，于是部分地方有關部門就為制假售假者撐起了保護傘，給予稅收等多方面的支持。假冒偽劣產品嚴重侵犯企業的知識產權，擾亂正常的市場競爭秩序，不利于形成良好的自主創新環境，成為我國經濟健康發展的毒瘤，嚴厲打擊假冒偽劣克不容緩。
建議：
1、支持企業突破核心技術。無論是“強化創新引領作用”，還是把創新“擺在國家發展全局的核心位置，深入實施創新驅動發展戰略”，都必須建立在掌握核心科技上。但是企業的實力有限、積累不足，要突破核心技術，必須要有國家的強大支持，包括：國家要重點投入，堅持以企業為主體、市場為導向、產學研相結合，聯合攻關，重點突破，進一步打破國外在這一領域的壟斷地位；加大對相關企業的扶持和核心技術人才培養的支持力度；積極推動企業自主創新能力建設，加大產學研合作資金投入，匯集國內高端技術人才為企業服務，幫助企業解決技術難題。
2、改變扶持策略。一方面，政府只需要對關系到國計民生的、基礎性的研究進行資金支持，而企業自身能做好的則由企業自己進行創新，國家給予一定的政策支持就可以了。另一方面，還要實行徹底的普惠制，無論國有、民營或外資都能享有平等的支持政策。
3、進一步加強對知識產權的保護。加強法制觀念，借助法律的巨大威懾力量，大幅度增加制假售假的法律風險和違法成本；同時建立舉報獎勵機制，吸引社會力量聯合打假，讓更多的社會力量和個人參與到舉報和抵制假冒偽劣中來。
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